Nel 1528 Clemente VII confermava la bolla delle indulgenze del 1516 e poneva il convento sotto la protezione dei Capitani di Parte. Il granduca Ferdinando I nel 1582 raccomandava di averne cura e di accrescerle; nel 1612 Cosimo II visitò le cappelle. I restauri si susseguirono; nel 1688 una strada più larga congiunse le cappelle al paese; nel 1722 questo divenne un luogo di ritiro per preti che dovevano scontare qualche mancanza.
Forse il modo di usare anche questa Gerusalemme da parte della popolazione nelle feste era quello delle "cerche": visita dei luoghi, recita di preghiere e ricavo di indulgenze; ma un uso più intimo e continuo ne dovevano fare i frati quali attori/spettatori inseriti in questo teatro pietrificato della memoria. La scelta degli artisti di utilizzare urbanistica, architettura, pittura e terrecotte dipinte consentiva di avere il massimo grado di concretezza; il silenzio della natura il massimo grado di concentrazione (si ricordi l'uso che ne faceva un neo-eremita dei nostri giorni, Maurizio, che andava a dormire nel S. Sepolcro).
Attualmente San Vivaldo è tornato ad essere al centro di un’attenzione e di un interesse rinnovati. Sono in corso da qualche tempi indagini storiche e documentarie, sono in progetto interventi di restauro. Un comitato di esperti di fama mondiale ha consentito la sua rivalutazione; nel 1993 è stato aperto il Museo didattico e l'attività di studio, finanziata dal Comune, continua nel Centro Internazionale di Studi; presso la Biblioteca c'è una sezione specializzata per la documentazione.